AnnotationDbi
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AnnotationDbi #
R의 생물 데이터 관련 패키지 저장소인 Bioconductor에 소장되어 있는 패키지중 하나로 여러 종의 생물학적 Annotation들이 들어 있으며 R을 이용한 데이터 분석에 용이하게 쓰이고 있다.
Data #
유전자 기준의 Annotation은 크게 4가지 분류로 제공된다.
- Organism level
- Platform level
- Homology level
- System-biology level
유전체 기주의 데이터는 전사체 혹은 유전체의 특징에 관한 정보들을 제공한다.
자세한 사항은 링크로 대체하며 아래의 참고사이트를 통해 확인 가능하다
Data의 이용 #
Command #
key 명령어를 통해 해당 db의 데이터들을 쉽게 분류, 호출 할 수 있다.
#"hgu95av2.db"에서 "PROBEID"의 상위 6개의 요소를 불러온다
> keys <- head(keys(hgu95av2.db,keytype="PROBEID"))
# select명령어를 통해 위에서 불러온 6개의 keys를 PROBEID로
# 갖는 Row의 "SYMBOL" 정보를 불러온다
> select(hgu95av2.db, keys=keys,
+ columns="SYMBOL", keytype="PROBEID")
PROBEID SYMBOL
1000_at MAPK3
1001_at TIE1
1002_f_at CYP2C19
1003_s_at CXCR5
1004_at CXCR5
1005_at DUSP1
