AnnotationDbi #

R의 생물 데이터 관련 패키지 저장소인 Bioconductor에 소장되어 있는 패키지중 하나로 여러 종의 생물학적 Annotation들이 들어 있으며 R을 이용한 데이터 분석에 용이하게 쓰이고 있다.

Data #

유전자 기준의 Annotation은 크게 4가지 분류로 제공된다.

1. Organism level
2. Platform level
3. Homology level
4. System-biology level

유전체 기주의 데이터는 전사체 혹은 유전체의 특징에 관한 정보들을 제공한다.

자세한 사항은 링크로 대체하며 아래의 참고사이트를 통해 확인 가능하다

Data의 이용 #

Command #

key 명령어를 통해 해당 db의 데이터들을 쉽게 분류, 호출 할 수 있다.

    #"hgu95av2.db"에서 "PROBEID"의 상위 6개의 요소를 불러온다
    > keys <- head(keys(hgu95av2.db,keytype="PROBEID"))

    # select명령어를 통해 위에서 불러온 6개의 keys를 PROBEID로
    # 갖는 Row의 "SYMBOL" 정보를 불러온다

    > select(hgu95av2.db, keys=keys,
        +   columns="SYMBOL", keytype="PROBEID")

    PROBEID SYMBOL
    1000_at MAPK3
    1001_at TIE1
    1002_f_at CYP2C19
    1003_s_at CXCR5
    1004_at CXCR5
    1005_at DUSP1

참고 사이트 #

• http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/AnnotationDbi.html