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EDGE #

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1회 업데이트 됨.

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  • 최초 작성자
    ShabangBoy
  • 최근 업데이트
    jmchoi

Structured data

Category
Analysis

EDGE #

EDGE(Empowering the Development of Genomics Expertise)는 유전체와 메타유전체에 대한 다양한 분석 도구를 제공하는 생명 정보 분석 플랫폼이다.

EDGE의 특징 #

높은 수준의 생명 정보 분석 전문가가 없이도 시스템을 통한 고차원 분석이 가능
유전자의 assembly, annotation부터 의약이나 환경 분야의 샘플에 대한 특성 분석까지 다양한 분야에서 다양한 목적으로 활용할 수 있는 분석을 제공
독성 분석의 결과를 쉽게 살펴볼 수 있는 결과 비교 시각화 기능을 제공
정확하고 빠른 분석이 가능
인적자원, 공간, 인터넷 환경, 시간 등이 제한된 시설에서 활용하기에도 용이
각 분석 별 리포트를 생성하고 조회하는 기능을 제공
소스 코드와 설치용 이미지가 공개되어 어디든지 사용하고자 하는 장소에 적용하여 사용 가능

EDGE Workflow #

Image
Image

EDGE의 구현 #

현 버전의 EDGE 파이프라인은 64비트의 리눅스 환경에 적합하게 구축되었음(Ubuntu 18.04, CentOS 7)
웹 기반의 그래픽 유저 인터페이스 환경을 제공
클라이언트 부분: JQuery Mobile Javascript와 HTML5를 사용
서버 부분: Apache, Python, perl CGI 사용

제공되는 주요 분석 프로그램 #

Qiime2
DETEQT
PiReT

다운로드 및 업데이트 링크 #

소스 코드: https://github.com/LANL-Bioinformatics/EDGE
가상 이미지: https://edge.readthedocs.io/en/develop/installation.html#edge-vmware-ovf-image
도커 이미지: https://edge.readthedocs.io/en/develop/installation.html#edge-docker-image
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