IUPAC
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개요 #
IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry): 국제 순수 및 응용화학연맹
IUPAC은 국제 순수 응용화학 연합으로 유기화합물의 명명법을 정하여 가장 널리 사용되고 있다. 이 중 nucleotide code도 정하여 사용되고 있다. Sequencing data를 이용하여 assembly를 진행 시 ambiguity nucleotides일 경우 IUPAC name을 이용하기도 한다.
Nucleotide base codes #
| Code | Description | |
| A | Adenine | |
| C | Cytosine | |
| G | Guanine | |
| T | Thymine | |
| U | Uracil | |
| R | Purine (A or G) | |
| Y | Pyrimidine (C, T, or U) | |
| M | C or A | |
| K | T, U, or G | |
| W | T, U, or A | |
| S | C or G | |
| B | C, T, U, or G (not A) | |
| D | A, T, U, or G (not C) | |
| H | A, T, U, or C (not G) | |
| V | A, C, or G (not T, not U) | |
| N | Any base (A, C, G, T, or U) |
Amino acid codes #
| 1-letter code | 3-letters code | Description | |
| A | Ala | Alanine | |
| R | Arg | Arginine | |
| N | Asn | Asparagine | |
| D | Asp | Aspartic acid | |
| C | Cys | Cysteine | |
| Q | Gln | Glutamine | |
| E | Glu | Glutamic acid | |
| G | Gly | Glycine | |
| H | His | Histidine | |
| I | Ile | Isoleucine | |
| L | Leu | Leucine | |
| K | Lys | Lysine | |
| M | Met | Methionine | |
| F | Phe | Phenylalanine | |
| P | Pro | Proline | |
| S | Ser | Serine | |
| T | Thr | Threonine | |
| W | Trp | Tryptophan | |
| Y | Tyr | Tyrosine | |
| V | Val | Valine | |
| B | Asx | Aspartic acid or Asparagine | |
| Z | Glx | Glutamine or Glutamic acid | |
| X | Xaa | Any amino acid |
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