개요 #

조직 샘플 사용하여 유전자를 확인하는 분석을 하기 위해서는 PCR이나 DNA sequencing이 있지만, In Situ Hybridization(ISH)이라는 염색 방법 또한 존재한다.
ISH 는 면역조직화학적 염색과 유사하게 목표로 하는 유전자를 표지할 수 있는데 ISH 는 목표로 하는 유전자에 맞추어 디자인된 프로브를 합성하여 목표 유전자를 라벨링 한 후 다시 증폭하는 과정을 통해 조직을 시각화할 수 있는 특징이 있다.

프로브 #

앞서 언급했듯이 ISH를 수행하기 위해서는 목표 유전자를 확인할 수 있는 프로브를 디자인해야 하는데 아래 표와 같은 프로브를 선택할 수 있다.
이러한 프로브에는 라벨링 인자가 붙어있는데 라벨링인자는 방사성 동위원소를 사용할 수도 있으며 DIG나 Biotin과 같은 비 방사성 물질을 사용할 수도 있다.

In Situ Hybridization protocol #

목표로 하는 유전자를 선택하였고 이에 맞추어 프로브를 디자인, 제작하면 아래와 같은 절차에 따라 ISH 실험을 진행할 수 있다.

A-C : 실험에 앞서 샘플의 슬라이드를 준비하고 프로브가 잘 target sequence에 도달할 수 있도록 cell membrane의 투과성을 높이는 조치가 필요하다.
D-G : 프로브를 hybridization 하기에 앞서 DNA를 denature 한 후 프로브를 붙여 라벨링을 한다.
H- : 결합하지 않은 프로브를 wash 한 뒤, 선택된 탐지자를 표지할 방법을 통해 조직 슬라이드를 시각화한다.

예시 슬라이드 이미지 #

1. RNA in situ hybridization - KRT5 and housekeeping gene in human melanoma FFPE tissue:

Reference #

1. 유방암 조직에서 In Situ Hybridization을 이용한 Epidermal Growth Factor Receptor mRNA 의 발현. 이원종 et al, Journal of Korean cancer association 28, 6, December, 1996
2. https://www.thermofisher.com/kr/ko/home/life-science/cell-analysis/cellular-imaging/in-situ-hybridization-ish.html
3. https://www.creative-diagnostics.com/in-situ-hybridization-and-fluorescence-in-situ-hybridization.htm
4. Brammer, S. P.; et al. Genomic in situ hybridization in Triticeae: a methodological approach[M]. Plant Breeding from Laboratories to Fields. In Tech, 2013.