JBrowse #

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Structured data

JBrowse는 genome browser중 하나로 JavaScript와 HTML5로 만들어졌으며, 추가로 데이터 임폴트 등은 Perl을 이용하는 경우가 많다.

JBrowse 단독으로서도 많이 사용하지만 다른 시스템과 연계하여 많이 사용되고 있다. 다른 시스템에서 JBrowse와 연계할 시 URL을 통한 접근을 하게 되는데 URL Argument를 이용하여 다양하게 Jbrowse를 사용할 수 있다.

어느 서열의 어느 부분을 보여줄지 선택할 수 있다. 아래와 같이 JBrowse URL에 Argument를 넘겨준다.

?loc={reference 서열 ID}:{start}..{end}

JBrowse는 여러 트랙을 로드할 수 있는데 tracks 옵션을 통해 트랙을 보여주거나 가릴 수 있다. 아래와 같이 JBrowse URL에 Argument를 넘겨준다.

?tracks={track1}
?tracks={track1},{track2},{track3},...

지정한 영역에 대해 Highlight 표시를 할 수 있다. 시작 위치와 끝 위치를 지정하여 일정 영역 또는 특정 포지션을 노란색으로 표시 할 수 있다. 아래와 같이 JBrowse URL에 Argument를 넘겨준다.

?highlight={reference 서열 ID or Element ID}:{start}..{end}