Jalview란 무엇인가? #

Jalview는 서열 편집기능과 분석, 가시화 기능을 제공하는 오픈소스 서열 editor이다. 이 밖에도 서열 Annotation, 2D structure 정보, Phylogenetic tree, 3D molecular structures Viewer 기능을 제공한다. Jalview는 데스크탑 어플리케이션 형태의 Jalview desktop와 웹기반 애플릿 형태의 Jalview lite 두가지 형태로 제공된다.

Jalview Desktop #

Jalview 데스크톱은 로컬로 설치하여 사용자 데스크탑 환경에서 Jalview Project 프로젝트를 생성(작업단위)하고 서열 Ediotor, Multiple alignment 분석 및 주요 공개 데이터베이스에 엑세스해서 관련 데이터와 연계 등의 기능을 수행할 수 있으면 모든 수행 작업을 저장 할 수 있다. 또한 서열정보 및 분석정보를 가시화한 이미지, HTML 문서, Postscript 파일 형태로 내보낼 수 있어 연구자에게 연구결과의 가시화 도구로써 편의성을 제공한다.

Jalview Lite #

Jalview Lite는 웹기반으로 사용자의 로컬데이터, 데이터 URL, text box 방식으로 데이터를 입력하여 jalview 기능을 이용할 수 있다. 또한 주요 공개데이터베이스에 서열 ID로 접근하여 서열정보를 가시화할 수 있으며, javascript API를 제공하여 있어 사용자가 자신의 웹사이트에 맞도록 커스터마이징하여 사용 할 수 있도록 하고 있다.

Jalview Applet(JalviewLite) 사용하기 #

아래 코드는 HTML applet 태크를 이용해 간단히 자신의 웹페이지에서 jalview 서열 Editor/가시화도구로써 기능을 이용할 수 있다.

 <applet
 code="jalview.bin.JalviewLite" width="756" height="560"
 archive="jalviewApplet.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="http://www.jalview.org/examples/plantfdx.fa"/>
 <param name="features" value="plantfdx.features"/>
 <param name="userDefinedColour" value="C=yellow; R,K,H=FF5555; D,E=5555FF"/>
 <param name="showFullId" value="false"/>
 <param name="embedded" value="true"/>
 <param name="linkLabel_1" value="Uniprot"/>
 <param name="linkUrl_1"
 value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
 <param name="linkLabel_2" value="EMBL-EBI Search"/>
 <param name="linkUrl_2"
 value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
 <param name="APPLICATION_URL"
 value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
 </applet>

유용한 파라미터 정보 #

• permissions : value="sandbox" : jalview applet을 구동시키기 위해 반드시 필요한 파라미터
• file : value="파일위치" : Fasta, PFAM, Clustal, MSF, PIR, or BLC 포멧 지원
• features : value="파일위치" : Jalview or GFF 포멧 지원
• linkLabel_1 : value="" : 공개데이터베이스 종류 표시 Uniprot,EMBL,EMBLCDS,PFAM,Rfam or PDB (linkLabel_2 등 추가 가능)
• linkUrl_1 : value="데이터베이스 URL" (linkUrl_2 등 추가 가능)

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