PICARD
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PICARD #
개요 #
PICARD는 High-troughput sequencing(HTS) 데이터를 다루는 도구들의 모음이다. JAVA를 기반으로 만들어졌으며 현재 83개의 도구(ver. 2.6.0 기준)를 통해 sequencing 데이터로 부터 파생된 SAM/BAM/CRAM 그리고 VCF 포맷의 파일을 처리한다.
sequencing 데이터로 부터 변이정보를 추출하는 경우 GATK도구를 위해 필요한 mapping file의 전처리 작업에서 사용되며 높은 호환성을 보인다. 또한 모든 유저에 대해 open-source로 제공되기 때문에 별도의 license를 요구하지 않는다는 점이 장점이다.
파일포맷 설명 참고: http://samtools.github.io/hts-specs/
설치 및 실행 #
Required
* JAVA 1.8 >=
(Java source: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html)
- Source로 부터 zip또는 tar.gz파일을 다운 받는다.
Source: https://github.com/broadinstitute/picard/releases/latest - 추가적인 설치는 요구하지 않는다. 사용 하고자 하는 도구를 아래와 같이 command line을 이용하여 실행하면 된다.
$ java -jar picard.jar [Tool name] [parameter1] [parameter2] ...
참고 #
Picard 제공 분석 도구
https://broadinstitute.github.io/picard/
