개요 #

JBrowseR 은 R 사용자에게 JBrowse2 genome browser 인터페이스를 제공하는 R 패키지이다. R 콘솔을 통해 사용자의 데이터를 가시화하거나, Shiny 또는 R markdown을 이용하여 genome browse의 웹 애플리케이션을 제작할 수 있다.

설치 #

CRAN 또는 git hub을 통해 패키지를 다운로드 받아 설치할 수 있다. CRAN 을 통해 설치 시 stable 버전, git hub 는 개발 버전을 다운로드 받을 수 있다.

CRAN을 통한 설치 방법 #

install.packages("JBrowseR", repos="http://cran.us.r-project.org")

github를 통한 설치 방법 #

install.packages("devtools") 
devtools::install_github("gmod/JBrowseR")

사용방법 #

R 콘솔에서 데이터 가시화 #

R 콘솔에서 genome browser를 사용하여 유전체 정보를 가시화할 수 있다. JBrowseR에서는 사람의 참조서열인 hg19, hg38 유전체 정보를 제공하며, 사용자 로컬데이터는 JSON 형식의 데이터를 입력하여 가시화할 수 있다.

아래 코드는 hg19 버전의 유전체 정보를 가시화하는 코드이다.

library(JBrowseR) 
JBrowseR("ViewHg19", location="10:29,838,737..29,838,819")

JBrowseR 웹 애플리케이션 구동 #

R Shiny를 이용하여 웹 애플리케이션을 만들 수 있다. 아래는 예시 코드이다.

library(shiny)
library(JBrowseR)

ui = fluidPage(
  titlePanel("Sars-Cov-2 JBrowseR Example"), 
  JBrowseROutput("browserOutput")
)

server = function(input, output, session) {
  # Genome 서열 파일 
  assembly = assembly("https://jbrowse.org/genomes/sars-cov2/fasta/sars-cov2.fa.gz", bgzip=TRUE)
  # 유전체 주석 정보 파일 
  annot = track_feature("https://jbrowse.org/genomes/sars-cov2/sars-cov2-annotations.sorted.gff.gz", assembly)
  # 가시화할 트랙 목록 
  tracks = tracks(annot)

  default_session = default_session (assembly, c(annot))

  output$browserOutput = renderJBrowseR(
      JBrowseR("View", assembly=assembly, tracks=tracks, defaultSession=default_session)
  )
}

shinyApp(ui, server )

참조문헌 #

• JBrowseR