RepARK
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최초 작성자
yhshin@insilicogen.com
- 최근 업데이트
Structured data
- Category
- Software
Table of Contents
Repetitive motif detection by Assembly of Repetitive k-mers (RepARK) #
- Reference 유전체 정보가 없이 NGS WGS 리드의 k-mer 사용시 잠정적인 바이어스를 피하기 위한 목적의 프로그램
- De novo 유전체 분석시 De novo repeat library 구축을 위한 프로그램
- NGS sequencing reads를 활용한 repeat library 구축
Workflow #
- K-mer counting : Jellyfish
- abundant k-mers : velvet/ wgs-assembler/ CLCAssemblyCell/ etc.
- repeat consensus : cap3/ cd-hit-est/ length cutoff
Result #
Reference #
(http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2014/03/14/nar.gku210.full)
