SAMtools #

Find similar titles

총 27회 업데이트 됨.

Edit

최초 작성자
JSeo 2014-10-31 02:05:46
최근 업데이트
mjkim 2023-06-30 12:28:13

Structured data

Category: Analysis; Software

SAMtools (samtools)
References
Incoming Links
1. Related Articles (Article 0)
2. Related Bioinformaticses (Bioinformatics 1)
Suggested Pages

SAMtools (samtools) #

SAM #

SAM (Sequence Alignment/Map) 형식은 커다란 시퀀스 얼라인먼트를 저장하는 파일 포맷으로, 대부분의 시퀀싱 리드 매핑 프로그램들이 결과 포맷으로 사용하고 있다. SAM 파일은 시퀀싱 리드가 참조 유전체 서열의 어느 위치에 어떻게 매핑되었고 어떠한 서열로 이루어져 있는지 등, 매핑과 관련된 많은 정보를 담고 있으므로 대부분 파일 용량이 크다. 따라서, 파일 용량을 줄이기 위해서는 binary 형태인 BAM 포맷으로 변환하여 저장한다.

SAM 은 다양한 얼라인먼트 정보를 저장하고 있으며, index 파일을 생성해서 유전체 위치를 효과적으로 검색을 할 수도 있고, 전체의 얼라인먼트를 읽지 않아도 대부분 작업을 할 수 있습니다.

SAM format #

Col	Field	Description
1	QNAME	Query template/pair NAME
2	FLAG	bitwise FLAG
3	RNAME	Reference sequence NAME
4	POS	1-based leftmost POSition/coordinate of clipped sequence
5	MAPQ	MAPping Quality (Phred-scaled)
6	CIAGR	extended CIGAR string
7	MRNM	Mate Reference sequence NaMe (‘=’ if same as RNAME)
8	MPOS	1-based Mate POSistion
9	TLEN	inferred Template LENgth (insert size)
10	SEQ	query SEQuence on the same strand as the reference
11	QUAL	query QUALity (ASCII-33 gives the Phred base quality)
12	OPT	variable OPTional fields in the format TAG:VTYPE:VALUE

SAMtools #

SAM 포맷의 파일을 가지고 여러 가지 기능을 수행할 수 있는 커맨드 기반의 프로그램이다. SAMtools 로 분석하기 위해서는 SAM의 binary 형태인 BAM 으로 변환해야 한다. SAMtools 는 SAM 파일 안에서 얼라인먼트를 다루기 위한 다양한 프로그램을 제공합니다 (ex. sort, view, index, stats 등).

SAMtools 설치방법 #

압축파일 다운로드 받아서 설치

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.17.tar.bz2
cd samtools-1.17.tar.bz2
./configure 
make
make install

github를 통한 설치

git clone https://github.com/samtools/samtools.git
cd samtools
./configure 
make
make install

conda를 통한 설치
```
conda install -c bioconda samtools
```

SAMtools 명령어 #

1.17버전을 기준으로 함

Indexing

Col	Field	Description
1	dict	create a sequence dictionary file
2	faidx	index/extract FASTA
3	fqidx	index/extract FASTQ
4	index	index alignment

Editing

Col	Field	Description
1	calmd	recalculate MD/NM tags and '=' bases
2	fixmate	fix mate information
3	reheader	replace BAM header
4	targetcut	cut fosmid regions (for fosmid pool only)
5	addreplacerg	adds or replaces RG tags
6	markdup	mark duplicates
7	ampliconclip	clip oligos from the end of reads

File operations

Col	Field	Description
1	collate	shuffle and group alignments by name
2	cat	concatenate BAMs
3	consensus	produce a consensus Pileup/FASTA/FASTQ
4	merge	merge sorted alignments
5	mpileup	multi-way pileup
6	sort	sort alignment file
7	split	splits a file by read group
8	quickcheck	quickly check if SAM/BAM/CRAM file appears intact
9	fastq	converts a BAM to a FASTQ
10	fasta	converts a BAM to a FASTA
11	import	Converts FASTA or FASTQ files to SAM/BAM/CRAM
12	reference	Generates a reference from aligned data
13	reset	Reverts aligner changes in reads

Statistics

Col	Field	Description
1	bedcov	read depth per BED region
2	coverage	alignment depth and percent coverage
3	depth	compute the depth
4	flagstat	simple stats
5	idxstats	BAM index stats
6	cram-size	list CRAM Content-ID and Data-Series sizes
7	phase	phase heterozygotest
8	stats	generate stats (former bamcheck)
9	ampliconstats	generate amplicon specific stats

Viewing

Col	Field	Description
1	flags	explain BAM flags
2	head	header viewer
3	tview	text alignment viewer
4	view	SAM<->BAM<->CRAM conversion
5	depad	convert padded BAM to unpadded BAM
6	samples	list the samples in a set of SAM/BAM/CRAM files

Misc

Col	Field	Description
1	help [cmd]	display this help message or help for [cmd]
2	version	detailed version information

SAM workflow #

SAM 파일을 binary 형태인 BAM 파일로 전환

samtools view를 이용해서 변환한다.

samtools view -Sb -h -@ [threads] [SAM] -o [BAM]

-S : input file 포맷 자동으로 확인함.
-b : output file 포맷 BAM
-h : SAM file header 출력 (사용하지 않으면, 매핑 결과부터 전환)
-@ : 사용할 multi-core 수
-o : samtools view의 결과 파일 (사용하지 않으면, STDOUT)

Data processing을 간소화하기 위한 sorting
- 시퀀싱 리드 매핑 결과를 참조 유전체 서열의 포지션 별로 정렬하는 프로그램이다.
- samtools sort를 이용해서 변환한다.
```
samtools sort -@ [threads] -o [sorted.bam] [BAM]

-o : samtools sort의 결과 파일 (사용하지 않으면, STDOUT)
-@ : 사용할 multi-core 수
```

sorted.bam file 내의 매핑 결과를 빠르게 접근하기 위한 index

samtool index -b -@ [threads] [sorted.bam] [out.index]

-b : BAM file의 index (.bai 파일 생성)
-@ : 사용할 multi-core 수

References #

SAMtools Website 1
SAMtools GitHub 2
Li, Heng, et al.: The sequence alignment/map format and SAMtools. Bioinformatics 2009, 2078-2079. 3

SAMtools #

Structured data

Table of Contents

SAMtools (samtools) #

SAM #

SAM format #

SAMtools #

SAMtools 설치방법 #

SAMtools 명령어 #

SAM workflow #

References #

Incoming Links #

Related Articles (Article 0) #

Related Bioinformaticses (Bioinformatics 1) #

Suggested Pages #