분산분석/ 상관분석 #
분산분석 #
분산분석이란 #
비교집단이 3개 이상일 경우
Factor수에 따른 n-way ANOVA 수행
R문법 #
# 등분산여부 (만족>0.05)
bartlett.test(대상변수~그룹변수, data=데이터명)
# ANOVA
aov(대상변수~그룹변수, data=데이터명)
*유의사항: 그룹변수는 factor 형 (as.factor)
코드 #
bartlett.test(metLv~group, data=dat)
anv_Rst <- aov(metLv~group, data=dat)
summary(anv_Rst)
인풋 #
시간(3그룹)에 따른 메틸레이션 차이?
metLv group
0.2 tp1
0.2 tp1
0.4 tp1
…
2.5 tp3
1.9 tp3
2.0 tp3
상관분석 #
상관분석이란 #
- 둘 이상의 변수간 관련성을 분석 (cf. 회귀분석)
R문법 #
# 공분산
cov(변수1, 변수2)
# 상관계수
cor.test(변수1, 변수2)
코드 #
# 상관계수:
cor(exp, met, use="complete.obs", method="pearson") #complete.obs 결측값 제거
all <- cor(dat[1:3], use="complete.obs", method="pearson")
library(corrplot)
corrplot(all)
cor.test(exp, met)
인풋 #
발현, 메틸화, 히스톤 간의 상관분석
met hst exp
114.64826 87 47
27.01410 87 65
63.30098 85 61
...
45.17740 95 71
27.08838 83 54
38.40876 86 62
