tRNAscan-SE 2.0 프로그램을 리눅스 환경에 설치하는 방법을 소개하고자 한다.
Table of Contents
필수 프로그램 #
tRNAscan-SE v2.0 프로그램 실행을 위해서는 Infernal이라고 하는 RNA 서열 탐색 프로그램이 먼저 설치되어 있어야 한다.
프로그램 다운로드 #
wget 프로그램을 이용하여 프로그램의 source code를 다운로드한다.
$ wget -t 0 http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.0.tar.gz
프로그램의 압축을 해제하고 해당 디렉토리로 이동한다.
$ tar zxvf trnascan-se-2.0.0.tar.gz
$ tRNAscan-SE-2.0
프로그램 설치 #
다운로드한 파일이 binary가 아닌 source code이므로 직접 컴파일해주어야 한다.
$ ./configure
$ make && make install
위의 경우 일반적으로 프로그램은 /usr/local/bin에 설치되며 대부분 해당 위치의 path가 설정되어 있으므로 절대경로 입력없이 프로그램을 사용할 수 있다.
그러나 사용자가 원하는 위치에 프로그램을 설치하고자 하면 다음과 같이 할 수 있다.
$ ./configure --prefix=/home/xyz
Config 파일 설정 #
tRNAscan-SE 프로그램 version 2.0은 실행시 필요한 파라미터, 라이브러리 위치, Infernal과 같은 다른 프로그램 위치 정보를 포함하는 별도의 config 파일을 입력파일로 요구한다. 설치 디렉토리에 default 파일을 제공하므로 위치 정보나 파라미터를 수정하여 사용할 수 있다. 특히 Infernal의 경우 공란으로, tmp 디렉토리는 /tmp로 입력되어 있으므로 반드시 검토 후 수정해야 한다.
$ cat tRNAscan-SE.conf
# tRNAscan-SE 2.0
# Configuration File
# default paths
bin_dir: /home/xyz/tRNAscan-SE-2.0/bin
lib_dir: /home/xyz/tRNAscan-SE-2.0/lib
infernal_dir: /usr/local/bin
# temporary files
temp_dir: /tmp
tmp_raw: {temp_dir}/tscan$$.raw
tmp_fa: {temp_dir}/tscan$$.fa
tmp_trnaseq_file: {temp_dir}/tscan$$.trna
tmp_masked_fa: {temp_dir}/tscan$$.masked.fa
프로그램 실행 #
간단한 분석 방법은 다음과 같다.
$ tRNAscan-SE genome.fa -c tRNAscan-SE.conf > tRNA.txt
