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생산성 향상을 위한 High-Throughput SNP Genotyping #

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Structured data

Category
Biology

작물 및 원예 분야에서는 최신 기술인 NGSSNP Genotyping을 기술을 통해 곡물의 생산성 증가을 위한 새로운 기법들이 시도되어지고 있다. High-throughput SNP Genotyping은 마커의 양적인 증가, 집단내의 빠른 분석 실행, 명확한 데이터의 생성 등의 이유로 대용량 데이터베이스화를 가능하게 하였다. 이러한 데이터베이스를 기반으로 다양한 분석들이 진행되고 있으며 앞으로도 IT기술과 접목하여 보다 많은 발전을 이룰 것으로 기대하고 있다.

Examples of high-throughput SNP Genotyping technologies #

  • Illumina Infinium iSelect HD
  • Affymetrix Axiom
  • Douglas Array Tape
  • Fluidigm Dynamic Arrays
  • Re-based GBS
  • Amplicon sequening

Breeding schemes for integrating SNP Genotyping into molecular breeding programs. #

  • MABC(marker-assisted backcrossing) and QTL pyramiding
  • MAS(marker-assisted selection) in the pedigree breeding programs
  • Genomic Selection

LIMS #

실제로 Genotyping Services Laboratory(GSL)은 sample tracking, SNP analysis, data management을 위한 계획을 가지고 관련 연구 진행 및 시스템 세팅을 진행하고 있다. Ocimum Biosolutions의 Biotracker LIMS 시스템과 같은 web-based 시스템을 통해 관련 프로그램을 최적하고 효율화하는 시도를 진행중에 있다. 또한 R, Pers, Comm등의 downstream applications을 활용하여 분석 시스템을 발전시켜 가고 있다. 이는 추가적으로 BT와 IT기술의 접목을 통해 효율적이고 실현 가능한 기술로 발전시켜 나아가고 있다.

본 글은 Plant Breed. Biotech. 2014 (September) 2(3):195~212의 기사를 기반으로 하며 첨부한다.

https://docs.google.com/a/insilicogen.com/uc?id=0BxemU14cDcdsVWp6Rm5HckgtSW8&export=download

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