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항생제 내성 유전자 데이터베이스 #

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    jhjeon

Structured data

Category
Database

The Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) #

  • CARD

  • 항생제 내성과 관련된 유전자 데이터 베이스

    • 6,453 ontology term

    • 4,937 reference sequence

    • 1,788 SNPs

    • 2775 Publications

    • 4983 AMR(Antimicrobial resistance) detection Model

Browse #

  • https://card.mcmaster.ca/browse

  • CARD는 ARO(항생제 내성 온톨로지) 및 AMR (Antimicrobial resistance) 유전자 검출 모델에 의해 categorization 되었으며, 전문가의 manual curation을 거친 내성 결정인자 및 관련 항생제 서열을 데이터베이스화 하였다.

Analyze #

  • https://card.mcmaster.ca/analyze

  • CARD에는 상동성 및 SNP 모델을 기반으로 하는 저항체 예측을 위한 BLAST 및 RGI(Resistance Gene Identifier) 소프트웨어를 비롯한 분자 서열 분석용 도구가 제공된다.

Download #

  • https://card.mcmaster.ca/download

  • CARD 데이터 및 온톨로지 관련 데이터를 다운로드할 수 있다.

    • Antibiotic Resistance Ontology (ARO)

    • draft Mobilome Ontology (MOBIO)

    • draft Virulence Ontology (VIRO)

    • Resistance Gene Identifier (RGI)

Resistomes, Variants & Prevalence #

  • https://card.mcmaster.ca/resistomes

  • 263개의 주요 병원체에 대한 생물정보학적 저항체를 예측한다.

  • 과학 문헌에 보고된 것 이상의 서열 변이체와 병원체, 게놈 및 플라스미드 사이의 AMR 유전자에 대한 유병률을 통계화하여 보여준다.

CARD:Live #

  • https://card.mcmaster.ca/live

  • CARD:Live 프로젝트는 온라인으로 RGI에 제출된 게놈 서열에 대한 병원체 식별, MLST, AMR 유전자 목록, 날짜 및 지리적 영역을 수집하여, 전 세계에서 분석되고 있는 항생제 내성 분리주에 대한 동적 보기를 제공한다.

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