AMP #

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최초 작성자
Seung-il Yoo 2014-12-30 02:41:48
최근 업데이트
yhshin@insilicogen.com 2016-06-10 07:00:07

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Category: Biology

AMP(AntiMicrobial Peptide) #

항생물질 중 하나로 항균펩타이드로 불린다. 항생물질은 미생물을 죽이거나 성장을 억제시키는 물질을 말하는데, 이런 항생물질이 다양한 생물체의 체내에서 합성 되는것으로 알려져 있으며, 외부 미생물의 공격으로 부터의 방어 기작으로 작용하고 있다.

NGS를 이용한 AMP detection 기술은 AMP의 다양한 특징들을 확인 할 수 있는 프로그램들을 활용해 수행이 가능하다. 크게는 총 5단계로 구성되어 있으며, 각각의 단계는 Molecular propensity, Aggregation propensity, Positive selection, Novel AMP selection, Exclution 이다.

Torrent et al.2011 PLoS One 6(2):e16968. doi:10.1371/journal.pone.0016968 에 따르면 Molecular propensity에서의 특징은 100mer 이하의 길이와 protein charge가 양수이며 pI가 8이상 12이하의 값을 가진다고 한다. 또한, AMP가 in-vivo 와 in-vitro에서 보이는 응집 경향은 서로 상이하다. AMP는 in-vivo aggregation 값을 -40이상 60이하로 가지며, 500이하의 in-vitro aggregation 값을 갖는다. 각각의 단계에서 사용하는 프로그램과 파라미터는 다음 표와 같다.

Step	Program	Parameter
Molecular propensity	PEPSTATS	Length	≤ 100mer
		Charge	>0(+)
		pI	8 ≤ pI ≤ 12
Aggregation propensity	TANGO	AGG	AGG ≤ 500
		HELIX	0 ≤ HELIX ≤ 25
		BETA	25 ≤ BETA ≤ 150
	AGGRESCAN	Na4vSS	-40 ≤ Na4vSS ≤ 60
Positive selection	AMPA	Stretch No.	>=1
Novel AMP selection	BLASTp	E-value	1e-5 (80%)
	CAMP	Discriminant analysis	True from any two prediction
		Random Forest	True from any two prediction
		Support Vector Machine	True from any two prediction
Exclusion	EPESTFIND	Protein cleavage site	False
	AllerPredict	Allergen	False

앞서 언급한 항균 펩타이드의 다양한 물리화학적 특징과 이를 확인 할 수 있는 프로그램을 나열해 알고리즘을 제작하고 새로운 항균 펩타이드를 선발한다. Known AMP를 필터링하는 과정에서 사용된 서열은 Uniprot/Swiss-prot 데이터베이스에서 AMP로 밝혀진 서열을 사용한다.

Suggested Pages #

0.153 Pyrosequencing
0.096 RNA Assembly Optimization
0.039 Next-generation sequencing/Library
0.025 EMBL
0.015 PICARD/MarkDuplicates
0.013 Genbank
0.013 RNA
0.013 PDB
0.013 DNA
0.013 SRS
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