BLUPF90 #
BLUPF90 family는 동식물의 양적유전 형질의 개량을 위해 Fortran 90/95으로 작성된 오픈소스 프로그램 family이다. BLUPF90 family는 혼합모형 모델을 수행하는것을 기초로하여 모수 추정 및 다양한 유전평가 방법을 제공한다. 사용자의 목적에 맞게 BLUPF90 family의 프로그램들을 선택적으로 이용하여 분석을 수행하게 된다.
BLUPF90의 설치 #
BLUPF90 famliy는 오픈소스로 제공되며, 기본적으로 Linux, Max_OSX, Windows 등 세가지 버전을 제공한다. 프로그램들의 설치는 아래 링크를 통해 다운 받을 수 있다.
기본적인 사용법 #
BLUPF90 프로그램을 실행하기 위해서는 가장 기본적으로 2가지의 입력 파일이 필요하다.
* 1. data file
data file은 개체 별 관측치 (표현형 정보) 및 데이터 보정에 필요한 관련 정보 (성별, 나이, 생년월일, 지역 등)을 포함하며, 이는 연구자의 목적에 따라 자유롭게 행렬의 크기를 입력할 수 있으며, 특히 열의 순서 또한 상관없이 입력이 가능하다. 유전평가를 목적으로 분석을 수행 할 경우 개체들간의 관계도를 나타낼 수 있는 pedigree 정보나 genotype 정보를 선택적으로 같이 입력하게 된다.
* 2. parameter file
BLUPF90 프로그램은 대화형 프로그램이 아니기 때문에 분석에 명령어가 될 수 있는 parameter file을 필수적으로 입력하여 분석의 내용을 묘사할 필요가 있다. parameter file은 분석에 대한 세부적인 내용을 담는 짧은 text file로써 분석의 모델, data file의 이름, 데이터의 열 번호 등 연구자에 목적에 맞게 자유롭게 기입이 가능하다.
renumf90 #
BLUPF90 프로그램의 모든 프로세스는 기본적으로 renumf90 프로그램을 시작으로 분석을 진행한다. 가장 대표적으로 육종가 추정 분석은 추정에 활용되는 혈통, 유전자형, 표현형 데이터를 입력 받고, 분석 옵션을 설정하는 parameter file을 새로이 작성하여 데이터의 format 또는 휴먼 에러에 의한 오류를 최소화 하기 위해 전체 데이터를 renumbering 하는 과정을 renumf90 프로그램을 이용하여 수행 하게 된다. Renumbering 과정이 완료되면 앞선 혈통, 유전자형, 표현형 데이터 및 parameter file이 자동으로 생성되고 이를 분석 목적에 따라서 동작 시키면 목표한 추정값에 도달 할 수 있다.
renumf90 <<< [parameter file] > [log file]
[blupf90 family] <<< renf90.par > [log file]
