BioPlex
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BioPlex network는 biophysical interactions of ORFeome-based complexes의 약자로 human cell line (HEK293T)에서 실험적으로 규명한 단백질 상호작용(Protein–protein interaction)의 모음이다. 이 연구에서는 단백질별로 모든 가능한 ORF를 정리한 ORFeome을 이용하여 면역침강이 가능한 형태의 tag를 유전자 서열에 심은 후 단백질 번역 시 이를 immunopurification 하여 상호작용하는 단백질을 한번에 mass spectrometry로 규명하는 절차다. 이는 일반적으로 대규모의 PPI 를 규명하는 실험에서 사용하는 방법으로, 실제로 상호작용하는 단백질 파트너만을 선별적으로 세포 내에서 꺼내오는 기술이 핵심적이다.
이 연구진은 3년에 걸쳐 2,594개의 단백질을 위와 같은 방식으로 실험했고, 그 결과 약 2.4만여 개의 PPI를 밝혔고, 그 중 86% 가 기존에 알려지지 않은 데이터다. 애초에 이만큼의 대규모의 연구가 시도조차 없었고, 그동안은 고작 특정 세포의 기능에 핵심적인 단백질 수개를 대상으로 최대 수백개 수준의 PPI를 밝혀낸 정도다. 기존에 잘 알려진 CORUM 데이터와도 80~100% 범위로 결과가 일치함을 보였다. 논문 출판 이후 계속적으로 실험을 수행하고 있으며, 현재 5,000개 단백질을 대상으로 5.6만 개 이상의 PPI를 규명했다.
흥미로운 결과는 네트워크 구조(subnetworks)만으로도 실제 GO 카테고리 분류와 같은 Cellular localization, biological process, molecular function 를 반영하고 있다는 것이다. 실제 유사기능을 수행하는 단백질끼리 상호작용을 하고 있다는 말이다. BioPlex network 데이터는 세포 기전을 이해하는데 뼈대역할을 할 것으로 보인다.
참고로, BioGRID 데이터베이스에 모두 데이터 등록했으나 현재까지 확인은 안된다.
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