Cytoscape
ClueGO
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최초 작성자
shshin@insilicogen.com
- 최근 업데이트
Structured data
- Category
- Software
ClueGO는 Cytoscape의 app중 하나로 가장 많이 사용되는 app 중 하나이다. GO enrichment analysis를 손쉽게 할 수 있으며, 그 관련성을 시각화하여 볼 수 있어 널리 사용 된다.
Table of Contents
Network Specificity #
네트워크 분석의 pre-set으로 GO term level 및 cluster 선정 기준을 정해 놓았다. Global에서 Detailed 쪽으로 갈수록 term depth가 깊어 진다.
Options #
이외에도 각 GO term에 대한 enrichment score 및 significant level을 통해 filtering이 가능하며, 각 network의 시각화 요소는 Cytoscape의 기본 tools을 따른다.
Example #
임의의 NCBI id를 통한 anlaysis
[ 7529 7531 7532 7533 10971 7534 3921 6175 60 87 88 89 81 58 59 70 71 72 342538 3146 307 9588 801 805 808 821 811 836 841 813 11335 1072 1337 1339 6304 4171 4172 1854 ]
Information #
각 노드의 크기와 색을 통해 cluster정보와 GO term의 significant level을 확인 할 수 있으며 각 cluster를 대표하는 term은 각 cluster와 같은 색의 bold label로 확인 할 수 있다.
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