Cytoscape
CluePedia
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최초 작성자
shshin@insilicogen.com
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Structured data
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CluePedia #
CluePedia는 ClueGO 이후에 나온 app으로 ClueGO를 실행하면 Analysis mode를 통해 개별 유전자와 miRNA등 여러 interaction을 추가적으로 Mapping 할 수 있다.
Advenced analysis #
추가적으로 ClueGO와 원하는 유전자를 추가적으로 시각화된 Network에 추가하여 표현할 수 있으며 특히 원하는 유전자의 Mapping 현황을 확인 할 때 유용하다
임의의 NCBI gene id
[7529 7531 7532 7533 10971 7534 3921 6175 60 87 88 89 81 58 59 70 71 72 342538 3146 307 9588 801 805 808 821 811 836 841 813 11335 1072 1337 1339 6304 4171 4172 1854 ]
의 ClueGO 결과의 Cluster 1에 몇몇 유전자들을 CluePedia로 Mapping한 결과
miRNA regulation #
특히 CluePedia를 이용하면 miRNA의 target 정보를 쉽게 확인하고 시각화 할 수 있다. 잘알려진 miRanda와 mirecords DB를 활용하여 특정 유전자와 관련있는 miRNA 정보를 바로 활용 할 수 있다.
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