E-value
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BLAST에서 E-value의 의미 #
데이터베이스에 매치된 결과가 특별한 의미를 갖고 있는지 알아보기 위해 주로 E-value를 사용한다. E-value는 특정 사이즈의 데이터베이스안에서 매칭을 수행할 때 우연히 하나의 매치가 발생할 기대값으로 정의된다. E-value가 낮을 수록 더 의미있는 것이라 할 수 있으며, 다시 말해 우연히 매치되는 확률이 더 작은 것으로 생각할 수 있다. 즉, E-value가 낮은 이 매치는 의미있다라고 할 수 있다. 그러나, 매치의 질(quality)은 E-value 뿐만이 아니라 alignment의 길이와 그 alignment의 percentage similarity에도 좌우된다. 그렇기 때문에, 이러한 확률 값들은 특별한 의미를 갖는 매치를 판단하는데 고려되어야 한다.
BLAST에서 E-value의 응용 #
위와 같은 이유로, BLAST를 수행 할 때 두가지 단계를 거쳐 결과를 screening 하는 것이 일반적이다. 첫번째로는 BLAST 스스로 지정한 기준값(일반적으로 0.001)으로 매칭하는 것이다. 이것은 raw BLAST 결과로 부터 의미없는 매치를 제거할 수 있게 한다. 두번째로 좀 더 강력한 기준값(일반적으로 1E-4 혹은 더 낮은 값)을 설정해 아주 의미있는 매치를 확인하는 것이다. 이는 첫번째로 수행한 BLAST 결과로 부터 파싱해 얻을 수 있으며, 좀 더 명확한 annotation을 보장한다. 이 방법은 교과서적인 방법은 아니지만, 의미있는 match를 확인하는 여러 문헌에서 일반적으로 받아들이는 수치를 사용했다.
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