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EDAM #

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Structured data

Category
Database

EDAM #

어원 #

EDAM의 어원은 EMBRACE 프로젝트(Pettifer et al. , 2010 )에 의해 시작된 'EMBRACE Data And Methods'에서 기원하였다. 일반적인 생물정보학 작업, 주제, 식별자를 포함한 데이터 유형 및 형식의 온톨로지로, 자원의 의미론적 주석에 적용되는 공통 개념(생물정보학 커뮤니티 내에서 공유됨)으로 구성된다.

EDAM 목적 및 지원 내용 #

생물 정보학 관련된 TOOL 및 리소스 정보 검색, 출판에서 사용하는 용어를 통일하고 표준화하기 위하여, 기계가 이해할 수 있는 일관된 설명으로 온톨로지화하여 제공하였다. EDAM은 생물정보학 작업(도구 또는 워크플로우 기능), 데이터 및 식별자 유형, 응용 프로그램 도메인 및 데이터 형식의 온톨로지이다. 웹 서비스, 데이터베이스, 프로그램 라이브러리, 독립 실행형 도구, 대화형 응용 프로그램, 데이터 스키마, 데이터 세트 및 생물정보학 내 출판물(논문 등)과 같은 다양한 엔터티의 의미론적 주석을 지원한다. 또한 적절한 도구와 데이터를 구성하고 찾는 데 적용되며 복잡한 응용 프로그램이나 워크플로우 통합을 자동화하도록 지원한다.

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<그림1. EDAM browser 메인화면, 이미지 출처 : https://edamontology.github.io/edam-browser>

온톨로지 구성 #

기본 구성은 네 가지 주요 하위 온톨로지, 즉 Operation, Data (Identifier 포함), Topic 및 Format으로 이루어진다. 좀 더 하위 온톨로지는 계층적 구조로 세분화한다. 데이터 유형에 대해 동일한 방식으로 데이터에 포함되어야 하거나 포함할 수 있는 부분은 구체적인 데이터 모델 또는 형식, 정보 표준, 보고 요구 사항 등에 의해 정의된다. 필수 및 선택적 데이터는 동일한 데이터 유형의 서로 다른 형식 간에 다르다. 데이터 및 작업 부분을 보편적으로 정의하지는 않지만, EDAM은 특정 데이터 형식 또는 데이터 세트의 일부에 주석을 달기 위한 개념과 특정 생물 정보학 알고리즘 또는 작업 흐름의 단계에 주석을 달기 위한 개념을 제공한다.

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<그림2. EDAM 온톨로지 구성, 이미지 출처 : https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt113>

Sub-ontology 정의 terms 예제 온톨로지 개념 수(2013년 기준)
Operation 입력 집합을 처리하여 출력 집합을 생성하거나 인수(입력)를 값(출력)과 연결하는 함수 RNA structure prediction, Protein docking, Data retrieval 558
Data 데이터 입력 또는 출력으로 생성할 수 있는 정보(데이터 레코드로 표현되는 정보) Sequence,Sequence record, Phylogenetic tree, UniProt accession 1140
Topic 연구, 응용, 작업, 데이터 또는 기술의 다소 광범위한 영역 또는 관심 분야를 나타내는 범주 Sequence analysis, Phylogenetics ontology 209
Format 컴퓨터 파일, 얼룩, 문자열, 메시지 또는 다른 곳에서 데이터를 표현하고 구조화하는 방법(주로 파일 형식) BAM, GVF, SBML 347

데이터 다운로드 #

EDAM 데이터는 bioportal-EDAM(https://bioportal.bioontology.org/ontologies/EDAM) 사이트에서 OWL 형식으로 다운로드 가능하다.

출처 #

Incoming Links #

Related Bioinformaticses #

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