HMMer
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HMMer 개요 #
HMMer은 Hidden Markov model을 구축하는데 사용하는 프로그램 패키지이다. 서열 정렬로부터 프로파일 HMM을 만드는 hmmbuild 프로그램과, HMM에 대한 검색 통계를 계산하는 hmmcalibrate 프로그램, 확률적으로 HMM에 기반한 새로운 서열을 만드는 프로그램, 램, 쿼리서열로 프로파일 데이터베이스를 검색하는 프로그램, HMM 분석에 필요한 유틸리티 등이 단일 프로그램으로 만들어져 있는 패키지 프로그램이다. HMMer은 기본적으로 align 파일을 입력 받으므로 clustalw와 같은 다중서열정렬 프로그램을 이용할 것을 추천한다.
