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IEDB: The Immune Epitope Database #
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Database

IEDB에서는 실험적으로 확인된 epitope information을 데이터베이스화하여 제공하고 있다. Allergens, infectious disease, autoimmune disease, transplantation, alloantigens 등 다양한 정보를 제공하고 2021년을 기준으로 22,300 여개의 참고자료를 검수하여 4,700,000 개 이상의 assay를 통해 확인된 1,500,000 여 개의 구조를 제공한다.

사용 조건 #

현재 웹페이지에서 검색하기 위해서는 아래와 같은 조건 중 최소한 하나를 충족하는 정보를 입력하여야 한다.

  1. Linear peptide의 길이가 50 amino acid 이하이여야 한다.
  2. 연속적인 residue information을 제공하여야 한다.
  3. 실험적으로 확인한 정보와 매치해보기 위해서는 5,000 달톤 미만이어야 한다.
  4. immunogen이나 antigen 이어야 한다.
  5. 웹페이지의 대표 화면에서 보이는 것과 같이 sequence, outcome, host와 같은 최소한의 정보를 입력하여야 한다.

IEDB 데이터베이스 구성 방식 #

IEDB에서 제공되는 정보는 한 개의 Epitope에 대해서 단수 혹은 복수의 Assay를 통해 생성된 데이터가 제공될 수 있다. 아래와 같이 한 개의 Epitope이더라도 Host나 antigen 등에 따라서 다른 정보를 확인할 수 있다.

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IEDB에서는 아래와 같은 검토과정을 통해서 확인된 정보를 제공한다.

  1. PubMed/PDB: 240,000 source
  2. 자동화된 소프트웨어와 기준을 통한 데이터 수집: 150,000 source
  3. 초록 검토: 44,000 source
  4. curation team에 의한 검토: 22,000

1단계부터 4단계까지의 과정을 통해 검수 된 데이터를 제공하며 2021년을 기준으로 아래와 같은 자료 구성을 하고 있다. 자료 검수는 IEDB의 팀에서 주관하지만 아래 링크의 가이드라인을 따라 peer review가 이루어지며 외부의 전문가가 수행하는 경우도 있다.
(Curation Manual: http://curationwiki.iedb.org/wiki/index.php/Main_Page)
- Infectious Disease: 53%
- Allergy: 8%
- Autoimmunity: 25%
- Transplant: 4%
- Others: 10%

Tutorial #

IEDB의 사용법을 연습하기 위해 아래와 같이 HBV T cell Epitope이 사람에게서 어떻게 반응할지 확인해보고자 한다.

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  • 1 - T cell Assay를 클릭한다.
  • 2 - Hepatitis B virus를 입력하면서 자동 완성된 이름을 클릭한다.
  • 3 - Host는 Human을 선택한다.

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  • 4 - 검색 결과 Current Filters와 Options 항목에서 현재의 조건을 확인할 수 있으며 IEDB ID를 클릭하여 Detail Page로 이동한다면 어떤 실험을 통해 Epitope 결과가 도출되었는지 확인할 수 있다.
  • 5 - Detail Pages에서는 Epitope summary와 MHC ligand Assay, B cell Assay, T cell Assay 정보를 제공하며 기타 참고 자료와 외부 경로를 확인할 수 있다.

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  • 6 - Epitopes, Antigens, Assays, Receptors, References 탭에서 각각의 정보를 확인할 수 있다.
  • 7 - 추가로 PDB를 통해서 3D 구조를 확인 가능한 경우 3dmol을 통해 시각화한 3D 구조와 함께 IEDB에서 확인한 Interacting residue를 표시할 수 있다.

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Reference #

http://workshop.iedb.org/
https://youtu.be/lOD3ilSf8Nk
http://curationwiki.iedb.org/wiki/index.php/Main_Page

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