Linkage analysis #

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Hana Song 2015-07-27 08:06:11
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jmkang 2020-01-01 23:49:10

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Linkage analysis
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Linkage analysis #

Linkage(연관)는 유성생식과정에서 일어나는 유전자재조합에서 나타나는 현상이다. 즉 서로 물리적인 거리가 가까울수록 유전자 재조합에서 살아남을 확률이 높다. 반대로 거리가 멀 수롤 재조합이 이루어질 확률이 높아진다.

출처 : https://learn.genetics.utah.edu/

Linkage analysis는 연관분석으로 돌연변이 형질과 따라다니는 분자마커를 사용해 재조합되는 수치를 계산함으로써 연관된 정도를 파악해 상대적인 거리를 가늠하는 방법이다. 유전자 재조합 형태를 바탕으로 유전적 거리 추정의 과정을 살펴보도록 하자.

다음의 예시는 www.ndsu.edu에서 가져온 것이다.

아래 그림은 유전자 재조합에 의해 발생 가능한 조합형태이다.

ABC 세 유전자가 완전독립일 때 우리는 각 조합형의 비를 1:1:1:1:1:1:1:1로 추정할 수 있다. 하지만 이 비율이 깨짐이 증명된다면 우리는 ABC 유전자가 연관되어 있다고 판단할 수 있다.

다음 표는 1,000명을 대상으로 한 ABC 유전자형 자료이다.

Genotype	Observed	Type of Gamete
ABC	390	Parental
abc	374	Parental
AbC	27	Single-crossover between genes C and B
aBc	30	Single-crossover between genes C and B
Abc	5	Double-crossover
aBC	8	Double-crossover
ABc	81	Single-crossover between genes A and C
abC	85	Single-crossover between genes A and C
Total	1000

표에서 볼 수 있듯 가장 높은 빈도로 나타나는 유전자형을 우리는 parental genotype으로 볼 수 있다. 즉, ABC와 abc가 parental genotype이다.

이 데이터를 통해 우리는 ABc/abC의 빈도가 AbC/aBc의 빈도보다 높은 것을 알 수 있다. 즉 확률적으로 AB의 유전자형이 같이 움직일 확률이 AC가 같이 움직일 확률보다 높다는 점에서 A-B-C 순으로 자리 잡고 있음을 추정할 있다. 이렇듯 linkage 분석은 유전자와 유전자 간 거리를 확률에 기반을 두어 계측할 수 있다.

연관분석을 활용해 연관불균형도 분석에 활용할 수 있으며 유전적 거리(Genetic distance)를 이용한 지도를 만드는데 활용할 수 있다.