MappingQuality
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최초 작성자
yhshin@insilicogen.com
- 최근 업데이트
Structured data
- Category
- Analysis
Table of Contents
SAM/BAM 파일로 부터 mapping quality 확인 #
NGS 데이터의 Mapping quality 확인을 위해 Alignment 표준 포맷인 SAM(BAM) 파일로부터 SAMtools를 이용해 간단한 Reference coverage 및 Mapping depth를 확인한다.
Samtools를 이용한 SAM파일 전처리 #
1. sorting
$samtools sort [in_put.bam] [output.sorted]
2. indexing
$samtools index [input.bam]
3. samtools idxstats
$samtools idxstats [input.sorted.bam] > [output.bam.idx]
Mapping rate 알아보기 #
1. Average mapping rate
$ cat [input.bam.idx] | awk '[sum +=$3} {sum2 +=$4} END {print "Average mapping rate = ", sum/(sum+sum2)}'
Mapping depth 알아보기 #
1. Depth printing
$samtools depth [input.sorted.bam] > [output.depth]
(output => contig name/ contig_locus/ depth)
2. cat [input.depth] | awk '{sum +=$3} END {print "Average aligned region depth = ", sum/NR}'
관련 페이지 #
(http://www.incodom.kr/SAMtools)
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