Northern blot #

1977년 James Alwine과 George stark이 agarose gel 전기영동으로 분획한 RNA를 membrane에 옮기는 방법을 개발했는데, 이 방법이 RNA 검출 방법 중 하나인 Northern blot입니다.

Northern blot 목적 #

RNA의 정성, 정량을 행하기 위해서 이용됩니다. 이 방법에 의해 RNA의 크기나 발현량의 정보가 얻어져 mRNA의 발현이 어느정도 행하여져 있는가를 알 수 있습니다.

Northern blot 원리 #

Northern blot이란 전기영동을 이용하여 크기별로 분리된 RNA 중 원하는 것을 찾아내는 방법입니다. RNA를 denaturing agarose gel 상에서 전기영동하여 그 분자량의 크기에 따라 전개시킨 다음 활성화된 Nylon 또는 Nitrocellulose에 옮기고, 분석하고자 하는 RNA는 방사선 동위원소로 표식된 특정 DNA 또는 RNA와 hybridization된 후 자가 방사법(autoradiography)을 시행함으로써 그 양과 위치, 크기를 결정할 수 있습니다. 전기영동으로 RNA를 분리하는 방법은 denaturing agent에 따라 Glyoxal/DMSO(Dimethyl sulfoxide) 방법(McMaster & Carmichael, 1977)과 formaldehyde 방법(Rave et al, 1979)으로 나눌 수 있습니다.

Northern blot 장점 #

• 실험방법이 간단하고, specificity가 상대적으로 높음
• RNA를 크기로 분획한 후 실제 크기로 확인할 수 있음
• mRNA transcript size와 RNA detection 가능
• 정량, 정성분석이 모두 가능함
• Blot은 수년동안 저장이 가능하고 필요하면 reprobe가 가능
• RNA를 연구하는데 많은 이점이 있는 방법
• Northern이 PCR보다는 더 신빙성 있는 방법

Northern blot 단점 #

• RNA sample이 조금만 degradation 되어도 실험을 수행하기 어려움
• RT PCR과 비교해 낮은 sensitivity
• Detection을 위해 multiple probe를 사용해야 함
• EtBr, DEPC, UV를 사용하므로 실험시 위험성 있음

Reference #

• https://en.wikipedia.org/wiki/Northern_blot

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