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ORF #
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Structured data

Category
Biology

ORF(open reading frame) #

유전체로부터 mRNA가 전사되고 단백질 생합성 기구에 의해 단백질로 번역될 가능성을 가진 코돈을 말한다. 시작코돈(Methionine을 코딩하는 AUG)부터 종결코돈(일반적으로 UAA, UAG, UGA)까지의 아미노산을 암호화하는 코돈이 연속적인 배열을 가질 때, ORF(open reading frame)라고 한다.

6개의 ORF #

DNA 이중나선은 두 가닥의 서열이 서로 상보적으로 연결되어 있고, 각 서열은 3개씩의 염기서열을 읽어 전사된다. 따라서 두 가닥의 서열은 서로 구분되는 6개의 ORF를 가진다.
아래의 그림을 통해 자세히 이해할 수 있다.

Image

ORF 예측 #

ORF(open reading frame)가 반드시 단백질로 번역되는 것을 의미하지는 않는다. 실제로 세포 안에서 단백질로 번역되는지는 실험적으로 확인해야 하지만 모든 DNA 단편을 직접 확인하기에는 많은 시간과 비용이 발생하므로, DNA 서열상에서 ORF(open reading frame)을 예측하게 위한 다양한 프로그램들이 개발되었다.

ORF 분석 툴 #

  • ORF Finder : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/

    • NCBI에서 제공하는 뉴클레오티드 서열로부터 선택할 수 있는 최소 크기의 모든 ORF(open reading frame)를 예측하고 분석하기 위한 그래픽 분석 도구이다. 추론된 아미노산 서열은 다양한 형식으로 저장될 수 있고 BLAST 서버를 사용해 데이터베이스와 비교할 수 있다.
  • ORF Predictor : http://bioinformatics.ysu.edu/tools/OrfPredictor.html

  • ORF Investigator : https://sites.google.com/site/dwivediplanet/ORF-Investigator/

    • 암호화 또는 비암호화 서열에 대한 정보를 주는 것뿐만 아니라 다른 유전자와 DNA 영역 서열 간 Pairwise global alignment를 수행할 수 있다. 서열 간의 Pairwise global alignment는 SNP(Single nucleotide polymorphism)를 포함하는 돌연변이를 발견하는데 편리하다. 유전자 서열에서 ORF(open reading frame)를 찾는데 효율적이며, 찾아낸 ORF(open reading frame)로부터 단일 문자 아미노산으로 변환된 단백질 서열을 보여준다.

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