OneMap은 Full-sib, RILs, F2, Backcross와 같은 experimental cross에 대해 genetic linkage map을 그려주는 R 기반의 프로그램이다. R/qtl과 유사하지만, R/qtl의 경우 outcrossing (non-inbred)에 대해 분석이 불가능(할 수는 있으나 우회해야함)하다.

설치 및 패키지 로딩 #

R 패키지로 구성되어 있으므로 R 프로그램 내에서 설치 및 로딩 후 사용할 수 있다.

> install.packages("onemap")

> library("onemap")

실행 #

자세한 정보는 Tutorial 페이지에서 확인할 수 있다.

실행을 위한 R 소스코드 예제는 onemap_denovo.R 페이지를 참고한다.

Mapping function #

Genetic map은 Marker loci 간 거리를 이용하여 gene이나 chromosome의 상대적 위치를 나타내는 것으로 marker loci 간 거리는 recombination fraction으로 계산되며 단위는 centimorgan이다. 이때 1 Centimorgan은 두 loci 간 recombination fraction이 1%이며 bp 단위로는 약 1Mbp 정도이다.

그러나 마커간 거리가 멀어질수록 교차 확률이 증가한다. 특히 recombination hotspot의 경우 교차 빈도가 크게 증가하여 실제 마커간 거리보다 더 멀게 예측되는 경우가 발생할 수 있다. 또한 자손 세대에서 double 또는 그 이상의 교차가 발생할 수 있으므로 단순히 recombination fraction 만으로 거리를 계산할 때 발생할 수 있는 에러를 교정하기 위해서 다양한 mapping function이 존재한다.

OneMap에서 이용 가능한 mapping function은 Haldane과 Kosambi 두 가지이다.

1. Haldane : 교차 횟수는 포아송 분포를 따른다는 가정을 전제로 함.

2. Kosambi : Haldane과 달리 double cross over와 inteference의 고려가 가능하다는 장점이 있으나 3 loci 이상에서 joint recombination 확률은 계산할 수 없음.

Marker ordering 알고리즘 #

1. seriation (Seriation, Buetow and Chakravarti, 1987)

2. rcd (Rapid Chain Delineation, Doerge, 1996)

3. record (Recombination Counting and Ordering, Van Os et al., 2005)

4. ug (Unidirectional Growth, Tan and Fu, 2006)

Stacks 프로그램과 연계 #

Stacks 파이프라인의 (genotypes) 프로그램을 이용하여 OneMap input 파일을 생성할 경우 genotype이 대문자 (자체 파이프라인에 의해 correction된 경우)로 표시되는 경우가 있으므로 이때 소문자로 수정 후 분석을 진행해야 한다. 그렇지 않을 경우 input 파일 로딩시 "Invalid marker codification." 이라는 메세지를 볼 수 있다.

또한 segregation pattern에 어긋나는 genotype이 출력되는 경우가 있으므로 소문자 변경 후에도 여전히 에러가 발생할 때에는 살펴볼 필요가 있다.

Incoming Links #

Related Bioinformaticses (Bioinformatics 0) #

• Linkage map
• genotypes

Suggested Pages #

• 0.339 GATK/VariantCalling
• 0.025 R (체스)
• 0.025 R (수학)
• 0.025 R (프로그래밍 언어)
• 0.025 SNP
• 0.025 JoinMap
• 0.025 QTL
• 0.025 DArT
• 0.025 미세부수체다형성
• 0.025 LOD score
• More suggestions...