PHYLIP #
PHYLIP은 the PHYLogeny Inference Package의 약자로 DNA나 Protein 서열을 이용한 계통분류 분석 프로그램을 모아놓은 패키지이다.
각 프로그램은 command line(shell, terminal, cmd)에서 실행되는 프로그램이며, 프로그램을 실행하는 디렉토리에 입력 파일이 infile 이라는 이름으로 존재해야 한다. 그렇지 않으면 프로그램 실행시 infile을 찾지 못해서 입력 파일로 사용할 파일의 이름을 입력하는 단계를 거쳐야 한다. 그리고 계산에 필요한 옵션들을 지정하는 메뉴가 나타나고 분석을 실행하면, outfile 또는 outtree 등의 이름으로 결과 파일이 생성된다.
계통분류분석 #
일반적으로 PHYLIP을 이용하여 계통분류분석을 하고자 할 때 다음과 같은 과정을 거치며 각 단계마다 사용되는 프로그램은 아래와 같다.
- muliple alignment : clustalw, muscle등
- Distance matrix 계산 : DNADIST 또는 PROTDIST
- Tree 데이터 작성 : Neighbor
- Tree 가시화 : drawtree, TreeView
구성 프로그램 #
Molecular sequence methods #
Distance matrix methods #
Gene frequencies and continuous characters #
Discrete characters methods #
Tree drawing, consensus, tree editing, tree distances #
참조 #