식물 세포벽에는 다당류인 Pectin이 존재하는데 이를 가수분해하여 에너지화하는 enzyme이 pectinase이다. 현재 pectinase는 식품 첨가물, 피부 미백제 등 다양한 분야에서 상업적으로 이용되고 있다.

Classification #

Pectinase database가 서비스되고 있으며 EC number 등 정보를 확인할 수 있다.

1. EC 3.1.1.11
2. EC 3.2.1.15
3. EC 3.2.1.67
4. EC 3.2.1.82
5. EC 4.2.2.2
6. EC 4.2.2.9
7. EC 4.2.2.6
8. EC 4.2.2.10

Phylogenetic tree analysis 사례 #

Pectinase는 식물 뿐만 아니라 세균, 곰팡이, 효모, 곤충 등에 널리 분포하고 있어 종간 유연관계 분석에 이용되기도 한다.

Ying Chang 등 (2015)은 27종의 fungi와 13종의 outgroup간의 pectinase 서열 비교 분석을 수행하여 유연관계를 규명하였다. 특히 pectin 분해에 주요한 기능을 수행하는 GH28 family의 ortholog 탐색 및 Phylogenetic tree 분석을 통해서 fungal-specific clades를 규명하였다. 분석을 통해서 Chytridiomycota와 terrestrial fungi의 공통 조상은 식물체에서 펙틴을 분해하여 영양분을 흡수할 수 있도록 pectinase 유전자를 여러 카피 복제하는 방향으로 진화되어 온 것을 확인하였다.

• Reference: Chang, Ying, et al. "Phylogenomic analyses indicate that early fungi evolved digesting cell walls of algal ancestors of land plants." Genome biology and evolution 7.6 (2015): 1590-1601.

Suggested Pages #

• 0.025 Maximum Parsimony
• 0.025 CLC Main Workbench
• 0.025 PAUP
• 0.025 AI
• 0.025 NCBI
• 0.025 Neighbor Joining Agorithm
• 0.025 CLC Genomics Workbench
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