Phenome ? #

원예작물 Phenome DB구축의 필요성 #

원예작물은 과수, 채소, 화훼를 통틀어 일컫는 말이다. 우리는 새로운 품종을 얻을때 전통적인 육종방법과 분자적 육종방법을 사용한다. 전통적인 육종법이 바로 교배에 의해 원하는 형질을 얻어 자손에게 유전시키는 방법이며, 분자적 육종법이 우리가 흔히 들어 알고 있는 GMO, LMO이다. 분자적 육종법이 부정적인 인식이 강하고 어떠한 부작용이 있는지 알려지지 않았기에 안전한 육종방법인 전통육종법이 더욱 선호되고 있다. 이 육종방법을 통해 얻은 발현 형질을 데이터베이스화 하여 이후 인간에게 유리한 형질을 가진 종을 발굴하여 미래성장동력과 새로운 먹거리 개발에 도움이 되고자함이 이 DB의 목적이다.

What is 「Gene-」/「Phene-」? #

Gene과 Phene에서 파생된 용어에 대해 알아보도록 하겠다.

Gene을 유전자 Phene은 표현형이다.

Genome vs. Phenome (-ome : 체) #

• G : 한 개체의 유전자의 총 염기서열이며, 한 생물 종의 거의 완전한 유전 정보

• P : 세포, 조직, 기관, 유기체나 종에서 표현되는 표현형의 집합

Genotype vs. Phenotype (-type : 형) #

• G : 물리적 특성을 결정. Allele의 유전적 조합.

• P : 어떠한 유기체 혹은 그 유기체의 식별 가능한 물리적 특성

Genomics vs. Phenomics (-omics : 체학) #

• G : 재조합 DNA, DNA 시퀀싱, 생물정보학에 적용 할 수 있는 유전학의 한 분야

• P : phenome(어떤 유기체의 물리적이고 생화학적인 특징)을 측정한 것에 대한 생물학 분야. Mutation과 환경적 특성으로 변할 수 있음.

Phenome database #

• HPO (Human phenotype ontology) : 인간의 유전병 혹은 다른 질병들의 표현형 특징에 대해 체계적이고 세세하게 설정되어 있는 용어를 제공한다.

• Phenomizer tool : Ontology의 의미유사성을 검색하여 유전학상의 진단을 위한 웹 기반의 프로그램

• PhenExplorer : 8000개 이상의 Mendelian disease, OMIM으로 애노테이션 되어있는 HPO term들을 보여주고 visualising 해준다.

• MPD (Mouse phenome database): Jackson lab에서 운영하는 사이트 마우스를 선택하면 해당 마우스의 phenotype 및 genotype 제공

Ontology search #

• Ref1. Gene ontology

• Ref2. Plant Ontology

• Ref3. Trait Ontology

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