RAST #

박테리아나 고세균 genome에 대해서 자동 annotation 서비스를 제공하고 있으며 CDS prediction, functional annotation 등을 제공하고 있다.

사용방법 #

1. 홈페이지에 접속하여 회원가입을 한다.
2. 등록한 계정으로 로그인 한다.
3. 상단 메뉴의 ‘Your Jobs-Upload New Job’을 클릭한다.
4. Upload File 칸의 ‘Choose File’을 선택하여 genome을 업로드 한다.
   ※Complete genome일 경우가 가장 좋으며 contig수도 적을수록 좋다. 백단위의 contig까지는 가능
5. 아래의 ‘Use this data and go to step2’를 클릭하여 다음 단계로 이동한다.
6. Upload한 시퀀스에 대한 정보를 확인하고 아래의 ‘Required information’란에서 이미 알고 있는 정보들을 정확히 기입한다(Taxonomy ID, Genus, Species, Strain, Genetic codes 등).
   ※ Genetic code 11번은 The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code, 4번은 The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code
   ※ Taxanomy ID를 모르는 경우 이곳을 참조 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/

* Upload a Genbank file

[출처 : https://www.youtube.com/watch?v=bZKtTSj-d9U]

• Upload a FASTA file

[출처 : https://www.youtube.com/watch?v=f5Rjj9KBKOc]

Output formats #

Output 포맷은 GenBank, GFF3, FASTA, Excel 중 사용자가 원하는 포맷으로 다운로드할 수 있다. 혹은 SEED-viewer에서도 볼 수 있는데 이때 SEED를 따로 설치할 필요는 없다.

Reference #

http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-9-75
http://blog.theseed.org/servers/presentations/t1/annotation-with-rast.html

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