RAST
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박테리아나 고세균 genome에 대해서 자동 annotation 서비스를 제공하고 있으며 CDS prediction, functional annotation 등을 제공하고 있다.
사용방법 #
- 홈페이지에 접속하여 회원가입을 한다.
- 등록한 계정으로 로그인 한다.
- 상단 메뉴의 ‘Your Jobs-Upload New Job’을 클릭한다.
- Upload File 칸의 ‘Choose File’을 선택하여 genome을 업로드 한다.
※Complete genome일 경우가 가장 좋으며 contig수도 적을수록 좋다. 백단위의 contig까지는 가능 - 아래의 ‘Use this data and go to step2’를 클릭하여 다음 단계로 이동한다.
- Upload한 시퀀스에 대한 정보를 확인하고 아래의 ‘Required information’란에서 이미 알고 있는 정보들을 정확히 기입한다(Taxonomy ID, Genus, Species, Strain, Genetic codes 등).
※ Genetic code 11번은 The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code, 4번은 The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code
※ Taxanomy ID를 모르는 경우 이곳을 참조 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/
* Upload a Genbank file
[출처 : https://www.youtube.com/watch?v=bZKtTSj-d9U]
- Upload a FASTA file
[출처 : https://www.youtube.com/watch?v=f5Rjj9KBKOc]
Output formats #
Output 포맷은 GenBank, GFF3, FASTA, Excel 중 사용자가 원하는 포맷으로 다운로드할 수 있다. 혹은 SEED-viewer에서도 볼 수 있는데 이때 SEED를 따로 설치할 필요는 없다.
Reference #
http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-9-75
http://blog.theseed.org/servers/presentations/t1/annotation-with-rast.html
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