REPET #

1. genomic region내 repeat의 detection, annotation 기능 수행
2. de novo 방식의 transposon elements(TE) design

TEdenovo #

1. BLASTER를 이용해 genome을 자체적으로 비교
2. genome 서열에 퍼져있는 repeat서열들을 match시킴 (GROUPER, RECON, PIPER와 같은 clustering 프로그램이 이용)
3. 각 cluster별 multiple alignment를 통해 consensus한 서열을 추출
4. consensus 서열의 classification 및 redundancy제거로 library를 완성

TEannot #

1. TEdenovo에서 생산된 library로 genome 내 TE 서열을 찾아내는 프로그램으로 BLASTER, RepeatMasker, CENSOR등이 이용됨
2. 최종산물은 GFF3 혹은 gameXML files로 산출됨.

Reference #

1. https://urgi.versailles.inra.fr/Tools/REPET