RSEM output #
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Structured data

Rsem-calculate-expression을 통해 생성되는 output은 다음과 같다 (참고).

생성되는 파일은 "[샘플명] + isoform.result"의 형태로 생성된다.

output	description
`*.isoform.result`	isoform(mRNA) level expression estimates
`*.genes.result`	gene level expression estimates
`*.alleles.result`
`.transcript.bam, .transcript.sorted.bam, *.transcript.sorted.bam.bai`	read가 transcript에 어떻게 붙었는지 mapping 정보가 담긴 bam파일 (`--no-bam-output`을 사용하면 생성되지 않는다)
`.genome.bam, .genome.sorted.bam, *.genome.srted.bai`	read alignment가 genome에 어떻게 붙었는지 mapping 정보가 담긴 bam파일, 만일 두 isoform에 각각 맵핑되었을 경우 두 isoform에서 공유하고 있는 region만 가지고 온다. (`--output-genome-bam`를 썻을때 생성된다)
`*.stat/`	분석과 관련된 모든 statistics가 들어있다. `rsem-plot-model` 메소드를 이용하여 plot으로 내타낼 수 있다
`.stat/.cnt`	alignment에 대한 정보, 전체 몇개의 reads중에 몇 개가 align되었고 align 된 read 수의 분포는 어떻게 되는지
`.stat/.model`	RNA-Seq model parameters learned from the data
`.stat/.theta`	.