R (프로그래밍 언어) Bioconductor UniProt.ws #

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최초 작성자
shshin@insilicogen.com 2015-11-11 07:56:00
최근 업데이트
JehongLee 2016-05-31 00:12:54

Structured data

Category: Software

UniProt.ws: A package for retrieving data from the UniProt web service #

생물정보 Databases중 하나인 UniProt의 데이터를 R을 이용하여 불러오고 사용할 수 있도록 유용한 기능을 제공한다.

Code #

library(UniProt.ws)
up <- UniProt.ws(taxId=9606)

UniProt.ws를 통해 원하는 taxID의 UniProt 정보를 얻어와 up에 저장한다

availableUniprotSpecies(pattern="musculus")

taxID를 모를 경우 UniProt에서 이용가능한 정보를 검색한다

head(keytypes(up))
head(columns(up))

keys <- c("1","2")
columns <- c("PDB","UNIGENE","SEQUENCE")

kt <- "ENTREZ_GENE"

res <- select(up, keys, columns, kt)

up의 정보에서 keys를 이용하여 원하는 정보를 불러오며 kt는 keys의 DB type을 정해준다.

Data #

head(res)

  ENTREZ_GENE PDB UNIGENE Seq
1 1 <NA> Hs.709582
2 1 <NA> Hs.529161
3 2 1BV8 Hs.212838  MGKNKLLHPSLV......
4 2 2P9R Hs.212838  MGKNKLLHPSLV......
5 2 4ACQ Hs.212838  MGKNKLLHPSLV......
6 2 1BV8 Hs.88556   MGKNKLLHPSLV......

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