Bacteria의 subcellular localization #

박테리아의 경우 크게 펩티도글리칸(cell wall)의 유무에 따라 gram-negative 와 gram-positive로 분류 된다. Gram-negative bacteria의 경우 크게 5개의 subcellular localization으로 분류되는데, cytoplasm, periplasm, inner membrane, outer membrane 그리고 extracellular space 이다. 시퀀싱 기술의 발달로 다양한 생물종의 유전체 서열을 밝히는 일이 가속화된 시점에 단백질의 세포 내 위치정보는 유전체를 구성하고 있는 단백질의 세포 내 기능을 밝히는 중요한 단서를 제공하게 되었다.

Subcellular localization prediction tool #

PSORTb version 3.0.2 #

input : FASTA sequence

http://www.psort.org/psortb/

Reference #

PSORTb is maintained by the Brinkman Laboratory, Simon Fraser University, British Columbia, Canada. If you use PSORTb in your research, we would greatly appreciate if you cited one of the following publications, and note the version of software you use:

1. PSORTb v3.0: N.Y. Yu, J.R. Wagner, M.R. Laird, G. Melli, S. Rey, R. Lo, P. Dao, S.C. Sahinalp, M. Ester, L.J. Foster, F.S.L. Brinkman (2010) PSORTb 3.0: Improved protein subcellular localization prediction with refined localization subcategories and predictive capabilities for all prokaryotes, Bioinformatics 26(13):1608-1615

2. SORTb v2.0: J.L. Gardy, M.R. Laird, F. Chen, S. Rey, C.J. Walsh, M. Ester, and F.S.L. Brinkman (2005) PSORTb v.2.0: expanded prediction of bacterial protein subcellular localization and insights gained from comparative proteome analysis, Bioinformatics 21(5):617-623

3. PSORTb v1.0: Jennifer L. Gardy, Cory Spencer, Ke Wang, Martin Ester, Gabor E. Tusnady, Istvan Simon, Sujun Hua, Katalin deFays, Christophe Lambert, Kenta Nakai and Fiona S.L. Brinkman (2003) PSORT-B: improving protein subcellular localization prediction for Gram-negative bacteria, Nucleic Acids Research 31(13):3613-17