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TRANSFAC
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TRANSFAC 이란 #
TRANSFAC 데이터베이스는 유전자 발현 조절에 가장 중요한 단계인 전사(transcription)단계에서의 유전자 조절과 관련된 정보를 제공하는 데이터베이스로서 가장 큰 기능은 TF(Transcripion factor)와 TFBS(Transcripion factor binding site) pattern을 찾는 것이다. 현재 TRANSFAC은 Public database와 Commercial database로 나누어진다. 전자는 현재 version 7.0(2005) 까지 공개 되어있다.
그림1. TRANSFAC public database 메인화면
출처:http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html
Match 와 Patch #
TRANSFAC 데이터베이스는 실험으로 검증된 TF 정보를 제공하며, 특히 유저가 원하는 TFBS를 예측할 수 있다. 이는 Match와 Patch라는 기능인데, 이 둘의 가장 큰차이는 유저 고유의 Matrix를 만들어서 pattern을 찾는지의 여부이다. Match는 다음번에 다루기로 하고 Public database에서도 사용이 가능한 Patch 기능을 알아보도록 한다.
그림2. TRANSFAC Match와 Patch 차이점
Patch를 활용한 TF/TFBS 예측방법 #
Patch 입력 정보 #
Patch는 서열을 입력하는 부분, 원하는 TF site를 선택, 파라메터(parmeter)의 조절 후 결과를 저장 또는 확인하는 단계로 나눌 수 있다.
그림3. TRANSFAC Patch의 메인 화면
TF site 선택 #
TF 사이트는 TFANSFAC Database에서 제공하는 TF site를 선택하고 cutoff를 조절한다. TF 사이트의 정보는 그림4와 같이 유전자 또는 binding factor의 TF site 정보를 종에 따라 제공한다.
그림4. TF site 선택 화면
서열 입력 #
입력하는 서열은 TFBS가 위치하는 영역으로 prokaryote 및 eukaryote에 따라 다르다.
| Type | Input region | |
| Prokaryote | 해당 유전자의 upstram의 intergenic region을 잘라서 입력 | |
| Eukaryote | 해당 유전자의 upstram의 promoter region으로 TSS(transcription start site)의 -1000 ~ +200 영역을 잘라서 입력 |
그림5. 서열 입력 화면
예측 결과 확인 #
그림 6과 같이 입력한 서열 내 위치 및 TFBS 패턴 정보 그리고 해당하는 TF와 사용한 Matrix 정보를 확인 할 수 있다.
그림6. TRANSFAC Patch 결과 화면
