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TRANSFAC Match #

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Category
Software

Transcription의 2가지 요소 #

transcription의 일반적인 구성은 cis-acting elements와 trans-action factors로 이루어진다.

cis-acting elements #

cis-acting elements는 짧은 DNA 서열로 유전자의 전사를 조절하는 비코딩 영역의 짧은 DNA 서열로 구조적인 특징으로는 해당 유전자 또는 유전자의 주변에 발견된다.

Feature
contain short consensus sequences
modules are related but not identical
not fixed in location but usually within 200 bp upstream of the TranscripTion Start site
a single element is usually sufficient to confer a regulatory response
can be located in a promoter or an enhancer
assumed that a specific protein binds to the element and the presence of that protein is developmentally regulated

Trans-acting factors #

Trans-acting factor는 보통 factor(인자)로 유전자 발현을 조절하기 위하여 cis-actiong sequences에 결합하는 단백질을 말한다.

Property
subunits of RNA polymerase
bind to RNA Polymerase to stabilize the initiation complex
bind to all promoters at specific sequences but not to RNA Polymerase (TFIID factor which binds to the TATA box)
bind to a few promoters and are required for transcription initiation; these are positive regulators of gene expression

TRANSFAC의 정의 #

TRANSFAC은 진핵생물을 대상으로 cis-acting 조절 DNA와 trans-actiong factors로 구성되며, 효모부터 인간까지 전체 종을 대상으로 제공한다. TRANSFAC의 시작은 1988년(Nucleic Acids Res. 16: 1879-1902, 1988), 이며, 컴퓨터로 읽는 형식은 1990년[BioTechForum - Advances in Molecular Genetics (J. Collins, A.J. Driesel, eds.) 4:95-108, 1991]에 변환되었다. 주요 기능은 MatchPatch라는 기능인데, 이 둘의 가장 큰차이는 유저 고유의 Matrix를 만들어서 pattern을 찾는지의 여부이다. Patch는 TRANSFAC 페이지를 참조하면 된다.

TRNASFAC의 공용 및 상용버전

그림1. TRNASFAC의 공용 및 상용버전

Match 활용한 Matrix 생성방법 #

Match의 가장 큰 특징은 유저 고유의 TF정보를 입력하여, 좀 더 많은 정보를 생성 할 수 있다. (예를 들면, TFANSFAC에 등록되지 않은 종을 대상으로 사용시 근연종의 TF 정보를 사용하여 TFBS 및 pattern을 예측할 수 있다.)

TRNASFAC Match 메인화면

그림2. TRNASFAC Match 메인화면

Match는 Patch와는 구성상 큰차이가 없고, Position Weight Matrix를 사용하여, 유저 고유의 TF 정보를 입력 하거나 선택하기 때문에 원하는 정보만을 선택하거나, 좀 더 많은 정보(TF - TFBS)를 예측 할 수 있다.

Position Weight Matrix 생성 #

Go to matrix generation 옵션을 이용하여, TF 정보를 추가 후 고유의 Position Weight Matrix를 생성한다. 다양한 입력형식을 제공한다.(Fasta / Clustalw / Gibbs 등)

Matrix 생성화면

그림3. Matrix 생성화면

Profile 생성 #

입력한 TF 정보 및 기존의 TF 정보 중 원하는 matrix 정보만을 선택하여 Profile(여러 matrix의 군집)을 생성한다. 생성된 profile 정보는 customize한 정보로 활용이 가능하다. (예를 들면 특이적인 박테리아 관련 matrix만을 선별하여 profile을 만들면, Patch 및 Match로 검색시 profile을 선택 후 미지의 박테리아의 TF-TFBS 정보를 예측 할 수 있다.)

Profile 생성화면

그림4. Profile 생성화면

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