UnivecDB
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UniVec Database #
UniVec Database는 Vector 서열을 모아놓은 데이터베이스로 핵산 서열 내의 segment를 식별하는 데 사용될 수 있다. UniVec은 vector 서열 외에도 cDNA나 genomics DNA의 cloning 과정에서 사용되는 어댑터, 링커, 프라이머 서열을 포함하고 있다. Vector 스크리닝을 하는 동안 발견되는 oligonucleotide 서열에 contamination을 가능하게 한다.
UniVec은 아래의 NCBI FTP 사이트에서 정보를 볼 수 있다.
벡터 서열에서 중복 제거 #
많은 벡터는 같은 백본이 있거나 일반적인 기능을 가진 카세트를 공유한다. 그 결과 각 벡터에 대한 완전한 서열을 가지는 데이터베이스는 이러한 요소의 여러 복사본이 포함되어 있다. 각각의 유니크한 요소의 단일 복사본은 그 서열이 벡터 오염으로 인식되는 것을 허용한다. 스크리닝을 위해 설계된 데이터베이스의 크기는 어떠한 서열의 중복 복사본을 제거함으로써 줄일 수 있다.
UniVec 데이터베이스는 각 입력 서열을 순차적으로 처리하여 구축되어 있다. 입력 서열은 먼저 데이터베이스에 있는 모든 서열과 비교된다. 데이터베이스 서열과 동일한 모든 세그먼트의 위치가 기록된다. 이 정보는 새로운 서열을 포함하는 입력 서열의 세그먼트만을 추출하는데 사용된다. 이러한 새로운 요소는 데이터베이스에 추가된다.
UniVec Database의 대표 vector #
UniVec은 유니크한 세그먼트 뿐만 아니라, 데이터베이스를 구축하기 위해 사용된 모든 벡터, 어댑터, 링커와 프라이머 서열에서 공유되는 세그먼트의 복사본을 포함한다. UniVec의 현재 버전을 구축하는데 사용된 서열은 현재 아래의 UniVec의 목록에 나열된다.
Reference #
Suggested Pages #
- 0.025 cDNA library
- 0.025 유전자 클로닝
- 0.025 mispriming
- 0.025 PCR
- 0.025 플라스미드
- 0.025 인헨서
- 0.025 Mismatches
- 0.025 GenBank
- 0.025 Entrez
- 0.025 복제 원점
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