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Variation Database #

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Variation Database #

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/variation/

Variation Database 종류 #

  • BioProject (formerly Genome Project) Genomics, Functional genomics, Genetics 연구들의 분석된 데이터셋들이 수집되어 있음

  • ClinVar Human variation과 건강 상태간의 관계를 리포팅하며, NIH의 Genetic testing registry와 MedGen, Gene, OMIM, PubMed와 그 외 정보들이 하이퍼링크로 접근이 가능함

  • dbVar (Database of Genomic Structural Variation) 큰 영역의 삽입 및 결손, translocations, inversions을 포함하는 genomic variation과 관련 정보가 포함되어 있음. variation discovery와 phenotype 정보가 함께 제공됨

  • dbGap (Database of Genotypes and Phenotypes) Genotype과 phenotype의 상호작용을 조사한 연구결과와 genome-wide association(GWAS), medical resequencing, 분자 진단 어세이, genotype과 non-clinical 특성 사이의 연관관계 등의 정보를 제공함

  • dbMHC (Database of Major Histocompatibility Complex) HLA와 그와 관련한 유전자 alinment 뷰어, MHC microsatellite 데이터베이스, SBT(Sequencing Based Typing)을 위한 서열 interpretation site, primer/probe 데이터베이스를 제공함

  • dbSNP (Database of Short Genetic Variations) SNP(Single nucleotide variations), microsatellites와 크기가 작은 삽입, 결손 등의 정보가 포함된 데이터베이스로 집단 특이적인 frequency와 genotype 데이터, 실험적인 조건, 분자 context, 대조군과 실험군간의 변이 정보 등을 제공함

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