PDB 프로젝트 #

단백질 3D 구조의 데이터베이스는 2003년 wwPDB(worldwide Protein Data Bank)라는 데이터베이스로 통합되어 운영되고 있다. 이들은 RCSB의 PDB(미국)와 EBI의 MSD(영국), 그리고 Osaka University의 PDBj(일본)가 결합한 거대 DB로 구조데이터의 일관화를 목적으로 시작되었다.

<그림1. wwPDB 홈페이지>

wwPDB의 구성원 #

PDB(Protein databank) #

NMR, X-ray, theoretical models을 이용하여 얻은 3D구조 데이터를 1차적으로 수집한 DB. 1977년 처음 논문이 나왔으며, 현재까지 무수히 많은 논문이 있다. 현재 5만개 이상의 구조데이터가 수록되고 있으며, 자체적인 toolkit(http://sw-tools.pdb.org/)을 지원한다. 제공되는 Toolkit(RCSB Data Processing Software Tools)은 소스코드 형태로 제공되며, 각 소스는 각각 특허로 보호받고 있으며, 연구목적으로는 modify가 허용되기에, 사용시 출처를 기록해야 한다.

MSD( Macromolecular Structure Database, 현재는 PDBe) #

EBI의 MSD project(1996)를 시발점으로 제작된 DB로 PDB 데이터를 기반으로 한다. Protein and Nucleic acid 구조와 이와 관련된 정보 전반을 모두 다루며, EBI의 다른 데이터베이스와 링크하여 광범위한 검색을 허용한다.

PDBJ(Protein Data Bank Japan) #

미국의 구조 생물 정보학 연구 공동체(RCSB)와 유럽 생물 정보학 연구소(MSD-EBI)와 협력하여 고분자 입체구조와 구조 해석 툴을 제공한다. PDB와 NMR데이터 등록을 담당하고 있다. 특히 2008년 1월 한국어 서비스를 제공하고 있다 DB 내에서는 자체 alignment tool(ASH - Alignment of Structural Homologs)을 제공한다.

BMRB(Biological Magnetic Resonance Bank) #

주로 NMR 실험 데이터를 수집하며, 거대 분자의 다양한 화학적 이동 ,결합 상수등의 정보를 제공하고 있다.

wwPDB의 기능 #

wwPDB는 검증/기탁/제공(다운로드)의 3가지 기능을 제공한다. 검증 및 기탁은 자체 프로그램을 활용하여 온라인상으로 진행되며, 등록된 구조데이터는 3가지의 데이터베이스(PDB / PDBe / PDBJ)를 통하여 다운로드 할 수 있다.

출처 #

출처 http://www.wwpdb.org/

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