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miRBase #

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  • 최초 작성자
    KyungyunKim
  • 최근 업데이트
    JEM

Structured data

Category
Database

miRBase : microRNA 데이터베이스 #

microRNA는 18~26 base의 single strand RNA로 목표가 되는 messenger RNA(mRNA)의 3'-UTR에 결합하여 전이를 억제하고 발생, 분화, 증식, 세포사멸, 스트레스 반응과 관련된 유전자 발현을 조절한다.

miRBase(www.mirbase.org/) 데이터베이스는 이러한 공개된 microRNA 시퀀스 및 annotation을 검색할 수 있는 데이터베이스이다. miRBase Sequence 데이터베이스의 각 항목은 miRNA 전 사물 (데이터베이스에서 mir라고 함)의 예상되는 헤어핀 부분을 나타내며 mature miRNA 시퀀스(miR이라고 함)의 위치와 시퀀스에 대한 정보를 나타낸다. 헤어핀과 mature 순서 모두 검색 및 탐색에 사용할 수 있으며 항목은 이름, 키워드, 레퍼런스, 어노테이션으로 검색할 수도 있다. 모든 시퀀스 및 annotation 데이터를 다운로드할 수도 있다.

miRNA 명명법 #

miRNA의 명명법(miRNA의 명명법은 규칙이 있다. miRBase에서 소개하고 있으며 그 내용은 아래와 같이 요약할 수 있다.

  1. hsa-mir-121이라는 miRNA가 있을 때 학명-mir-숫자 의 형식을 따른다.
  2. 숫자는 발견된 순서로서 마지막으로 121이라는 miRNA가 있었다면 이후에 발견되는 miRNA는 122부터 시작한다.
  3. genome 상의 다른 영역에서 같은 mature miRNA를 가지는 precursor miRNA가 있다면 이름은 hsa-mir-121-1, hsa-mir-121-2를 가진다.
  4. genome 상의 다른 영역에서 유사한 mature miRNA를 가지고 있다면 hsa-mir-121a, hsa-mir-121b를 가진다.
  5. mature miRNA는 위치에 따라 precursor miRNA 이름 뒤에 -5p , -3p를 가진다. ex) hsa-mir-121-5p, hsa-mir-121-3p
  6. 이 규칙은 항상 적용되는 것은 아니며 예외가 있을 수 있다.

명명법은 이러하지만 이름 자체는 아주 일부의 정보만 가지고 있으므로 microRNA의 정확한 정보를 알기 위해서는 데이터베이스 검색이 꼭 필요하다.

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