mixcr #

개요 #

mixcr은 NGS 데이터를 이용한 면역 프로파일링 데이터 분석을 위한 소프트웨어 플랫폼으로 주로 Rep-seq(repertoire sequencing; i.e., BCR sequencing, TCR sequencing 등) 데이터 분석에 사용된다. Rep-Seq 이란 immune repertoires 특징 파악을 위해 면역 세포의 variable region(epitope와 결합하는 부위)을 sequencing 하는 기술로 antibody의 chain 영역에 있는 V gene, D gene, J gene 영역 중 CDR3 영역을 sequencing 하여 dominant T/B-cell의 receptor 탐색한다.

그림 1. Antibody structure and genetic encoding(출처:creative-diagnostics)

mixcr은 다양한 플랫폼으로부터 생산된 시퀀싱 데이터의 QC부터 면역 프로파일링까지 전체적인 데이터 프로세싱 작업을 지원하는 파이프라인을 제공한다. 2023년 6월 기준 MiXCR은 4.3.2를 최신버전으로 제공하고 있다. mixcr github에서 최신 버전을 사용할 수 있다.

설치 #

Linux/MacOS #

별도의 설치 과정 없이 직접 설치 파일을 내려받아 압축 해제 후 실행 파일을 사용할 수 있다.

# 1. 설치 파일 다운로드 
wget https://github.com/milaboratory/mixcr/releases/download/v4.3.2/mixcr-4.3.2.zip
# 2 압축 해제 
unzip mixcr-4.3.2.zip
# 3. 실행 테스트 
~/mixcr -v

Windows #

웹사이트에 접속하여 직접 설치 파일을 내려받아 압축 해제 후 실행 파일을 사용할 수 있다. 단, 윈도우즈 터미널 (PowerShell 등) 프로그램을 이용하여 사용할 수 있다.

# 실행 테스트 
 java -jar {mixcr path} -v

사용방법 #

analyze라는 모듈을 사용하여 간단하게 면역 프로파일링 데이터를 추출할 수 있다. 분석 실행 시 사용자 시퀀싱 데이터의 시퀀싱 플랫폼, 종, 데이터 타입 정보를 기재해 주어야 한다.

# 사용방법 
# mixcr analyze {seqeuncingplatform-species-data_type}  {fastq R1} {fastq R2} {outpath}

# 예시 
mixcr analyze takara-human-bcr-full-length sample1_R1.fastq.gz sample1_R2.fastq.gz results

분석에 사용할 수 있는 시퀀싱 플랫폼 및 상세 정보는 여기를 참조한다.

참조 #

• mixcr